肽抗原与主要组织相容性复合体 (MHC) 编码的分子结合，并呈现在细胞表面形成 T 淋巴细胞的靶细胞。自适应免疫系统这一关键环节可有助于消灭病原体感染细胞和癌症细胞，以及产生相应抗体。对这些抗原肽的鉴定，给新疫苗开发带来新的契机，新疫苗的目标就是产生有效的适应性免疫。
T 淋巴细胞对外来抗原的识别是适应性免疫的基础。在 MHC I 类途径中，内源性抗原在胞质蛋白酶体的作用下被降解成肽段，经 TAP 转运体进入内质网，在 tapasin、Erp57、calreticulin 等辅助蛋白的帮助下组装到 MHC I 类分子上，最终呈递到细胞表面供 CD8+ T 细胞识别。MHC II 类途径则处理外源性抗原，呈递给 CD4+ T 细胞，启动体液免疫应答。
技术方法
Aimsmass 采用 LC-MS/MS 方法对 MHC 呈递抗原肽进行分析。首先使用特异性抗体对细胞表面的 MHC-肽复合物进行免疫沉淀，将结合的肽段酸性洗脱释放，然后经反相 HPLC 分离后进入高分辨质谱进行多级碎裂分析。由于 HLA 肽段研究的特殊挑战（肽段短、无胰酶切割位点、丰度低），需要高度优化的实验方案和专业的数据分析流程。
通过专业的 de novo 测序算法，从质谱碎片谱图中直接推导肽段的氨基酸序列，无需依赖蛋白质数据库。获得的序列信息与已知抗原数据库 IEDB (Immune Epitope Database) 进行比对，可以快速区分已知抗原和潜在的新抗原肽段。
服务优势
软件高效性
通过专业软件分析多种抗原肽段序列，并可获得数据库里的新抗原肽段序列。De novo 算法针对短肽段（8-25 aa）进行了专门优化，确保高准确度的序列推导。
数据独特性
与已知抗原数据库 IEDB 比对分析，可以快速找出新的独特抗原肽段。新抗原的发现对于个性化肿瘤免疫治疗和新疫苗开发具有重要价值。
服务流程
应用场景
一旦确定下来，这些肽抗原可以为基于肽的疫苗设计提供信息，为 T 细胞表位作图提供工具，以及为免疫监测测定法的开发提供试剂。在肿瘤免疫治疗领域，新抗原肽的鉴定是个性化癌症疫苗和 TCR-T 细胞治疗的前提。
送样要求
| 参数 | 要求 |
|---|
| 细胞样品 | ≥1×10^8 个细胞（新鲜收集或 -80°C 保存） |
| 组织样品 | ≥500 mg（液氮速冻，-80°C 保存） |
| 纯化肽段 | ≥1 μg（合成多肽或 IP 产物） |
| 保存条件 | -80°C，避免反复冻融 |
| 运输 | 干冰运输，确保冷链不断 |
常见问题
抗原肽重头测序的应用场景有哪些？
抗原肽重头测序主要用于：①新疫苗开发——鉴定病原体或肿瘤特异性抗原肽，作为疫苗设计的靶点；②肿瘤免疫治疗——发现肿瘤新抗原 (neoantigen)，指导个性化免疫治疗；③自身免疫研究——鉴定自身抗原肽，揭示自身免疫疾病机制；④抗体药物开发——确认抗体识别的表位肽段序列。
MHC I 类和 II 类呈递肽有什么区别？
MHC I 类分子主要呈递内源性抗原（如病毒蛋白、肿瘤抗原），肽段长度通常为 8-11 个氨基酸，由胞质蛋白酶体降解后经 TAP 转运至内质网。MHC II 类分子呈递外源性抗原（如细菌蛋白），肽段长度通常为 13-25 个氨基酸，由内体/溶酶体途径加工。两类肽段的鉴定策略和分析方法有所不同。
抗原肽测序需要多少样品？
由于 MHC 呈递肽的天然丰度较低，建议起始细胞量 ≥1×10^8 个。对于组织样品，建议 ≥500 mg。细胞需新鲜收集或 -80°C 保存，避免反复冻融。Aimsmass 技术团队可根据样品类型优化免疫沉淀方案。
如何区分新抗原和已知抗原？
通过软件分析获得的肽段序列与已知抗原数据库 IEDB (Immune Epitope Database) 进行比对，已收录的肽段为已知抗原，未收录的则为潜在的新抗原肽段。新抗原的免疫原性可通过体外 T 细胞激活实验进一步验证。
项目周期和交付内容？
标准周期约 2-4 周，视样品类型和分析深度而定。交付内容包括：原始质谱数据、de novo 测序结果（肽段序列列表）、IEDB 比对报告、新抗原肽段汇总及免疫原性预测。
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