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基于 LC-MS/MS 平台的蛋白定量分析,涵盖 iTRAQ、TMT、Labelfree、DIA 等技术路线,为非靶向筛选生物标记物提供高准确度、高覆盖率的定量数据。
蛋白定量分析是指使用标记(iTRAQ/TMT)或非标记 (Labelfree) 液质联用(LC-MS/MS)对样本中蛋白进行相对定量分析,该方法适合非靶向筛选生物标记物(biomarker)。蛋白表达水平变化是药物靶点研究、潜在可能的临床诊断生物标记物以及早期临床研究的重要指标。
近年来质谱技术快速发展,新的蛋白组定量方法也应用在蛋白表达水平和蛋白修饰水平的研究中,并都成为当今蛋白组学研究中的重要部分。AIMS 致力于提供相关蛋白定量组学服务,多年来已经积累了大量的实战经验,主要专注于各种动植物组织细胞等 iTRAQ 和 TMT,以及 Labelfree 相对定量组学服务。
以下列出 Aimsmass 目前支持的蛋白定量技术路线,每种均为独立服务模块,点击链接进入详细方案:
以下对比帮助您根据研究需求选择合适的定量方案:
| 参数 | iTRAQ | TMT | Labelfree | DIA |
|---|---|---|---|---|
| 标记方式 | 同位素标记 | 同位素标记 | 无标记 | 无标记 |
| 最大通道数 | 8-plex | 18-plex | 无限制 | 无限制 |
| 定量准确性 | ★★★★ | ★★★★ | ★★★ | ★★★★ |
| 覆盖度 | ★★★ | ★★★★ | ★★★ | ★★★★ |
| 可重分析性 | ★★ | ★★ | ★★★ | ★★★★★ |
| 成本效益 | ★★★ | ★★★ | ★★★★ | ★★★ |
| 适用样本量 | ≤8 个 | ≤18 个 | 不限 | 不限 |
采用高分辨质谱仪,上机时间 120min,更高的覆盖率。同位素内标法校正系统误差,定量 CV 值控制在 15% 以内。
根据样本数量、预算和研究目的,提供 iTRAQ/TMT/Labelfree/DIA 四种方案,一对一技术咨询。
提供差异蛋白筛选、GO 功能注释、KEGG 通路富集、蛋白互作网络等全套生物信息学分析。
多年蛋白组学服务经验,累计完成数千例样本,覆盖动植物、微生物、临床样本等多种类型。
蛋白定性分析专注于鉴定样本中有哪些蛋白,回答"有什么"的问题;蛋白定量分析在此基础上进一步测定不同条件下蛋白的丰度变化,回答"有多少和怎么变"的问题。定性是基础,定量是进阶。如果您的研究需要比较不同组别之间的蛋白表达差异,应选择定量蛋白质组学。
两者都是同位素标记的相对定量技术,原理相似但标记试剂不同。iTRAQ 有 4-plex 和 8-plex 两种规格,TMT 目前有 6-plex、10-plex、16-plex 和 18-plex。TMT 通道数更多,适合更大规模样本的比较研究。此外,TMT 标记试剂在 MS3 水平采集时可有效降低 ratio compression 效应,定量更准确。
当样本数量超过 iTRAQ/TMT 通道限制(8-18 个)、预算有限、或样本来源特殊(如临床样本无法统一标记)时,Labelfree 是更好的选择。其缺点是批次效应较明显,需要严格的实验设计来控制变异。对于超大样本队列(>20 个),Labelfree 结合 DIA 采集是目前的主流方案。
DDA(数据依赖性采集)只选择信号最强的母离子进行碎裂,可能遗漏低丰度蛋白;DIA(数据非依赖性采集)对全扫描窗口内的所有母离子均进行碎裂,覆盖度更高、重现性更好。DIA 数据需要专门的软件(如 Spectronaut、DIA-NN)解析,但可重分析性极强,适合长期研究项目。
以下为各类样本的最低送样量要求:
| 样本类型 | iTRAQ/TMT | Labelfree/DIA |
|---|---|---|
| 动物组织(肌肉&器官) | 30 mg | 100 mg |
| 动物组织(骨骼&软骨) | 200 mg | 500 mg |
| 植物组织(叶片&花) | 200 mg | 500 mg |
| 植物组织(种子&根茎) | 100 mg | 500 mg |
| 细胞系 | 1-2×10^7 | 1-2×10^7 |
| 血清和血浆 | 50 μL | 500 μL |
| 微生物 | OD≥0.5 | OD≥0.5 |
详细送样指南请参考 送样准备。
提交咨询,Aimsmass 技术团队将根据您的样本类型、样本数量和研究目的,推荐最佳定量方案和报价。
获取蛋白定量方案与报价电话:021-51914748 | 邮箱:info@aimsmass.cn | 或联系 在线客服