溶液质谱鉴定概述

溶液质谱鉴定将蛋白样本直接在溶液中进行变性、还原烷基化和胰蛋白酶消化，生成的肽段混合物经 LC-MS/MS 鸟枪法分析后，通过数据库搜索鉴定蛋白组分。该方法省去了凝胶电泳步骤，操作更为简便快速，尤其适合以下场景：细胞系/组织的总蛋白鉴定、免疫共沉淀（IP/Co-IP）产物中的互作蛋白鉴定、蛋白纯化产物的组分分析、以及蛋白混合物的成分筛查。

与胶条质谱相比，溶液法的优势在于：无需跑胶和切胶，减少样本损失；酶切在均一溶液中进行，效率更高；特别适合微量样本和珍贵样本。但需注意，溶液法对样本纯净度要求较高，高浓度的去污剂（如 >2% SDS）和盐类可能干扰酶切和质谱检测，需在前处理阶段进行适当稀释或置换。

AP-MS 与酵母双杂交比较

溶液质谱鉴定是亲和纯化质谱（AP-MS）的核心分析手段。AP-MS 与酵母双杂交（Y2H）是蛋白互作研究的两大经典方法，各有优势：

比较维度	Y2H（酵母双杂交）	AP-MS（亲和纯化质谱）
检测原理	在酵母细胞内检测两蛋白直接物理互作	免疫沉淀 bait 蛋白后，质谱鉴定所有共沉淀蛋白
互作类型	仅检测二元直接互作	可发现直接和间接互作（蛋白复合物成员）
通量	适合大规模高通量筛选	通量相对较低，但数据更接近生理状态
物种适用性	限于酵母系统，蛋白可能缺少修饰	可在原始物种/细胞系中操作，保留天然修饰
翻译后修饰	无法检测蛋白修饰信息	可同时发现蛋白修饰信息
假阳性	自激活、非生理互作	非特异性结合（需严格对照）

技术方案

溶液质谱鉴定的标准流程如下：

服务优势

• 操作简便高效

  无需凝胶电泳步骤，蛋白直接在溶液中酶切，减少样本损失和操作时间，尤其适合微量和珍贵样本。

• 高覆盖率鉴定

  采用 Thermo Fisher Orbitrap Exploris 480 / Q Exactive HF-X 高分辨质谱仪（分辨率 240,000 @ m/z 200，扫描速度 40 Hz），搭配 EASY-nLC 1200 纳升液相色谱系统，120min 上机时长可获得全面的蛋白鉴定覆盖，单次可鉴定数百至上千个蛋白。

• IP/Co-IP 兼容

  完美适配免疫沉淀产物分析，是 AP-MS 蛋白互作研究的标准分析方案，可同时鉴定 bait 蛋白和互作蛋白。

• 双重保障

  若检测结果确认为质谱端问题，可免费重新上机一次，确保数据质量。

送样要求

常规动物组织：100mg

软体动物组织：1g

常规植物组织：1g

植物果实及种子：2g-4g

细胞样本：2×10⁷

菌类样本：150mg

最低蛋白质量：1mg

检测平台：Thermo Fisher Orbitrap Exploris 480 / Q Exactive HF-X 高分辨质谱仪（分辨率 240,000 @ m/z 200，扫描速度 40 Hz），搭配 EASY-nLC 1200 纳升液相色谱系统

支持 SDS-PAGE 胶条、蛋白溶液、免疫共沉淀产物等多种样本形式，具体请咨询技术团队。

详细送样指南请参考 送样准备。

常见问题

相关服务

如需其他形式的蛋白定性或定量分析，可参考以下服务：