胶条质谱鉴定是蛋白定性质谱的经典方案，适用于已跑完 SDS-PAGE 凝胶、需要鉴定特定条带蛋白组成的场景。如需分析蛋白混合溶液或 IP 产物，请参考 溶液质谱鉴定。如需了解蛋白定性分析整体服务，请访问 蛋白定性质谱。
胶条质谱鉴定概述
蛋白质样本经 1D 或 2D 凝胶电泳（SDS-PAGE）分离后，可通过考马斯亮蓝染色或银染使蛋白可视化。研究人员根据分子量或等电点选取感兴趣的蛋白条带/斑点，切割后在凝胶内进行还原烷基化和胰蛋白酶消化，释放出的肽段经提取后进行 LC-MS/MS 鸟枪法分析。
胶内消化的最大优势在于：电泳过程可有效去除去污剂、无机盐等干扰物质，使后续质谱分析更加稳定可靠。同时，凝胶分离可按分子量分馏蛋白，降低样本复杂度，提高低丰度蛋白的检出率。该方法在蛋白纯度验证、目标蛋白确认和蛋白质表征研究中广泛应用。
凝胶类型比较
根据研究目的和样本复杂度，可选择不同类型的凝胶分离方案：
| 凝胶类型 | 原理与优势 | 局限性 |
|---|
| 1D SDS-PAGE | 按分子量分离，操作简单快速，成本低，适合目标条带鉴定 | 分离分辨率有限，复杂样本可能共迁移 |
| 2D 凝胶电泳 | 先按等电点、再按分子量二维分离，可分离上千个蛋白点 | 耗时费力，重复性受操作影响，对极端 pI/MW 蛋白覆盖差 |
| DIGE | 荧光标记不同样本，在同一凝胶中比较，提高定量准确性 | 标记效率影响定量，设备成本高，操作复杂 |
技术方案
胶条质谱鉴定的标准流程如下：
凝胶电泳1D/2D SDS-PAGE 分离
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染色显色考马斯亮蓝或银染
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切胶取带切取目标条带/斑点
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胶内酶切还原烷基化 + 胰酶消化
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LC-MS/MS高分辨质谱鸟枪法
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搜库鉴定数据库搜索蛋白鉴定
服务优势
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高精度与准确性
采用 Thermo Fisher Orbitrap Exploris 480 / Q Exactive HF-X 高分辨质谱仪（分辨率 240,000 @ m/z 200，扫描速度 40 Hz），搭配 EASY-nLC 1200 纳升液相色谱系统，120min 上机时长可获得更高的肽段覆盖率和蛋白鉴定置信度。
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去干扰能力强
凝胶电泳过程有效去除去污剂（SDS、Triton 等）和无机盐，避免质谱信号抑制，提高数据质量。
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简单快速
样本准备简单，只需提供跑好的凝胶或冻存胶条。常规项目约 1 周出报告，适合预算有限的科研项目。
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双重保障
若检测结果确认为质谱端问题，可免费重新上机一次，确保数据质量。
送样要求
常规动物组织：100mg
软体动物组织：1g
常规植物组织：1g
植物果实及种子：2g-4g
细胞样本：2×107
菌类样本：150mg
最低蛋白质量：1mg
检测平台：Thermo Fisher Orbitrap Exploris 480 / Q Exactive HF-X 高分辨质谱仪（分辨率 240,000 @ m/z 200，扫描速度 40 Hz），搭配 EASY-nLC 1200 纳升液相色谱系统
支持 SDS-PAGE 胶条、蛋白溶液、免疫共沉淀产物等多种样本形式，具体请咨询技术团队。
详细送样指南请参考 送样准备。
常见问题
胶条质谱鉴定和溶液质谱鉴定有什么区别？
胶条质谱先通过凝胶电泳分离蛋白，再切取特定条带进行胶内酶切和质谱分析，适合已跑完胶的样本。溶液质谱则将蛋白直接在溶液中酶切后上机，无需电泳步骤，操作更简便，适合蛋白混合物和 IP 产物。简单来说：已有凝胶选胶条法，蛋白溶液选溶液法。
可以鉴定多少个蛋白？
单个胶条/条带通常可鉴定 50-500 个蛋白，取决于条带蛋白复杂度和质谱上机时长。全泳道切条分段鉴定可覆盖更多蛋白。2D 凝胶的蛋白斑点通常鉴定 1-10 个高丰度蛋白。
银染和考马斯亮蓝哪种染色更好？
考马斯亮蓝灵敏度约 50-100ng/条带，背景低、质谱兼容性好，是首选方案。银染灵敏度更高（1-10ng），但部分银染配方含甲醛/戊二醛会导致蛋白交联，降低酶切效率和质谱鉴定率。如需银染，建议使用质谱兼容型银染试剂盒。
送样要求是什么？
提供跑好的 SDS-PAGE 凝胶（湿胶或保鲜膜包裹），或冻存胶条（-20℃ 保存）。胶上条带需经染色可视化。如未跑胶，也可提供蛋白样本由 Aimsmass 代为跑胶染色。详细要求请参考送样指南。
项目周期多长？交付哪些内容？
标准周期约 1 周。交付内容包括：原始质谱数据（.raw）、蛋白鉴定结果表（含蛋白名称、覆盖率、肽段数、得分等）、关键肽段谱图。如需生物信息学分析可另行沟通。
相关服务
如需其他形式的蛋白定性或定量分析，可参考以下服务：
