蛋白定性质谱服务

AIMS 专业服务

蛋白定性分析是基于液质联用 (LC-MS/MS) 的鸟枪法蛋白鉴定技术，采用自上而下 (Bottom Up) 的分析策略。样本类型通常为 SDS-PAGE 胶条或 IP Pulldown 溶液，通过胰蛋白酶消化后上机分析，实现对蛋白的全局定性鉴定。

该技术适合低预算项目，可快速判断目标蛋白有无并提高低丰度蛋白的检出率，是初步研究蛋白质组成的理想选择。

鉴定方案对比

适用场景：SDS-PAGE 分离后的蛋白胶条或胶斑点，单带或少量蛋白条带的精细鉴定。

优势：样品纯度高，背景干扰少，适合鉴定特定分子量区间的蛋白。

送样要求：胶条长度≥1cm，染色建议考马斯亮蓝染色，避免使用含酚红或固定剂的处理。

适用场景：蛋白溶液样本（如细胞裂解液、组织匀浆、纯化蛋白），多蛋白混合样本的整体分析。

优势：通量高，可一次性分析数十至数百种蛋白，成本低效比高。

送样要求：蛋白总量 ≥2μg，推荐 RIPA 裂解缓冲体系，避免含有去垢剂 (SDS/Triton X-100) 或盐浓度过高的样本。

蛋白定性分析专注于鉴定样本中有哪些蛋白，回答"有什么"的问题；定量蛋白质组学在此基础上进一步测定不同条件下蛋白的丰度变化，回答"有多少和怎么变"的问题。定性是基础，定量是进阶。

可能原因包括：①样本本身蛋白含量低，低于质谱检测限；②前处理过程中蛋白损失或降解；③存在强背景干扰（如污染物、高分子量杂质）；④样本过于复杂导致部分低丰度蛋白被掩盖。建议增加上样量、优化前处理方式或考虑去除高丰度蛋白。

胶内消化通常能获得更高的鉴定质量（更短的肽段、更高的覆盖度），因为凝胶电泳能去除大部分背景物质；溶液消化通量更高、成本更低，但可能存在更多背景干扰。如果追求高精度的单蛋白鉴定，推荐胶内消化；如需同时分析多种蛋白，推荐溶液消化。

主要看肽段水平 FDR（错误发现率）和蛋白水平 FDR，一般要求均≤1%。此外，可关注鉴定蛋白所对应的 unique peptides（唯一肽段）数量——至少需要 2 条以上 unique peptides 才认为鉴定结果可靠。Aimsmass 所有数据均采用严格的统计校验。